Visi dan misi Gereja KAE dalam penyelenggaraan karya pastoralnya ditentukan melalui Musyawarah Pastoral (Muspas) dalam periode lima tahunan dan Sidang Lintas Perangkat Pastoral Keuskup¬an (SLPP) dalam periode tahunan yang tertuang dalam Arah Dasar KAE.Tujuan Gereja Keuskupan Agung Ende adalah mengembangkan misi Gereja Kristus, terutama yang berhubungan dengan karya kesalehan, kerasulan atau karitatif baik spiritual maupun keduniaan (temporales) (Kan. 114 § 2), serta karya-karya sosial/amal kasih dan keagamaan lain sesuai dengan kebutuhan di bidang pendidikan, kesehatan, dan eko¬nomi.
memelihara dan mengurus serta mengelola harta-benda dan kekayaan milik Badan Gereja, baik dalam hal memperoleh harta-benda dengan semua cara yang adil menurut hukum kodrat maupun hukum positif (Kan. 1259–1272), maupun mengelola harta-benda (Kan. 1273–1289), serta melakukan kontrak dan pengalihan-pengalihan (Kan. 1290–1298).